遥か太古に地球征服を目論むも、ワクセイバーの祖先となる聖なる戦士たちにより惑星ネメシスの地下に封印された邪悪な集団リベリオス。自らを「賢聖王」と名乗るリベリオスの長・ゴルドネメシスは、ドーラ＝ゴラム、ハイプ＝ミラ、グー＝リフォーナを従え永き眠りから目覚め、再び地球に侵略を開始する。それを阻止するべく、聖なる戦士たちの末裔である五人の戦士・ワクセイバーが立ち上がる。 救星巨神ワクセイオーを再び起動させ、リベリオスに立ち向かうワクセイバーだったが… [BAD END]
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